Allora cerco di essere più chiaro e di aiutarti fin dove posso

Crei il database MySQL e con PhpMyAdmin lo gestisci, fin qui ci siamo.
Per scrivere codice php devi utilizzare un editor (va bene anche il blocco note xD). Io uso HippoEDIT
Con filezilla non scrivi codice, ma invii le pagine create al tuo dominio altervista.

Il database che hai creato, ovviamente, dovrà interagire con il tuo codice

Se preferisci puoi lavorare direttamente su altervista. Creai il db nel tuo dominio e scrivi le pagine php direttamente su altervista. In questo modo non dovrai neanche utilizzare filezilla

Se hai altre domande chiedi

PS: se decidi di lavorare direttamente su altervista posso spiegarti come creare il db