Si si per quello ho fatto in modo che la matrice venga scandita a partire da i e j = 1 fino a topografia.length-1 e topografia[0].length-1, tanto la prima ed ultima riga e la prima ed ultima colonna sono messi sempre a false. Comunque ho ridefinito equals in questo modo:

codice:
public boolean equals(Object x)
        {
        	Elemento e = (Elemento)x;
        	
        	return this.i == e.i && this.j == e.j;
        }
E pare funzionare o.o Grazie