Le tabelle che si vedono sono tutte di tipo MyISAM, quelle che non si vedono non ricordo di che tipo sono, ma sono quelle di default di Joomla, credo non siano MyISAM.
Ho notato che dentro la cartella con i file del database, le tabelle che si vedono hanno tre file a testa, un .frm, un .MYD e un .MYI, quelle che non si vedono hanno solo il .frm.

Lo so che ho fatto una cavolata a non fare il backup su file sql, ma cos'altro avrei potuto fare in quelle condizioni? Purtroppo non sono stato capace di usare mysqldump e adesso è un casino.