Basta che nel file delle impostazioni salvi una costante che contiene l'uri della root (lo cambi tra server di sviluppo e di produzione, tanto hai sicuramente altri parametri diversi) e poi usi tutti percorsi assoluti (www.tuosito.com/css/style.css).

Altrimenti imposti baseurl e usi i percorsi relativi (è un metatag di html)