Per forza ti dà errore, non gli passi gli argomenti richiesti da Effect… Prova a spostare l'assegnazione del prototipo all'inerno del costruttore e a passargli gli argomenti, così:

codice:
function Effect( vertexShader, fragmentShader, m_gl) {
	// blablabla
}

function MyEffect(vertexShader, fragmentShader, m_gl) {
	this._super(vertexShader, fragmentShader, m_gl);
	this.prototype = new Effect(vertexShader, fragmentShader, m_gl);
}

// MyEffect.prototype.constructor = Effect;
// questo è superfluo, controlla da te!
// alert(MyEffect.prototype.constructor);
// piuttosto di solito, quando si modifica il prototipo, si reimposta il costruttore originale, così:
MyEffect.prototype.constructor = MyEffect;
P.S. Lo so che il concetto è molto simile alle classi, ma non le chiamare classi, in javascript si chiamano costruttori!