Così non può funzionare: JS entra in gioco dopo il php e quindi non puoi avere una "VARIABILE GENERATA DAL JAVASCRIPT CHE NON CONOSCO".

Le strade sono due:
1. utilizzi ajax per popolare la seconda select
2. mostri solo la prima select e, dopo la selezione, ricarichi la pagina popolando la seconda select con i dati derivati dalla prima (chiaramente soluzione meno bella, ma funziona se non hai altri campi e se non te la senti di gestire con ajax)