Non ho assolutamente detto questo... il supporto dipende dal programma che usi (ad es Thunderbird) non dallo specifico protocollo. Se Thunderbird supporta l'uso di proxy socks (ed è così!) allora puoi usare Tor su POP3, IMAP e SMTP.

Le mie considerazione riguardavano un fattore prettamente di sicurezza. POP3, IMAP e SMTP (a meno che si usi SSL o STARTTLS) sono protocolli che inviano le credenziali di autenticazione in chiaro. Se usi tali protocolli via TOR, l'exit node della rete TOR (l'ultimo nodo prima della destinazione) è in grado di intercettare tutto il traffico in chiaro comprese le credenziali di autenticazione.