Youtobe usa flash, che non tiene in considerazione dello z-index, fermo restando che queste soluzioni possono non vale per youtube essendo un servizio esterno:
A) parametro wmode leggi qui.
B) Caricare il flash con js, ci sono script che fanno questo in rete.
Se nessuna di queste opzioni funziona prova a chiedere a youtube se esiste soluzione.