non avevo letto l'ultimo paragrafo quindi aggiungo una precisazione

con AJAX (che ormai ha lasciato il passo a 'cloud' come parola hipster) il risultato non sarebbe differente perchè cmq dovresti mandare le informazioni sulle strutture molecolari al server (write.php), semplicemente con l'oggetto XmlHTTPRequest questo ti è possibile farlo in maniera asincrona e senza lasciare la pagina corrente visualizzata nel browser.