Tramite PHP puoi verificare il referrer della tua pagina, se non contiene il tuo sito potrebbe essere inclusa tramite iframe. Però devi stare attento a considerare le opzioni in cui uno arrivi al tuo sito tramite motore di ricerca, normali links legittimi e senza il campo referrer valorizzato (se ad esempio l'utente ha disabilitato la propagazione di tale informazioni per questioni di privacy oppure ha digitato direttamente l'indirizzo nella url bar del browser).

Altrimenti con javascript puoi traversare con il DOM e vedere se trovi qualche nodo di tipo iframe.