Se il motivo per cui vuoi vedere la query mandata al db è puramente "test", per così dire, perchè non usare un banale "echo $query"?
Riguardo a loggare le query su mysql, non è sempre una buona pratica fidarsi di questo metodo perchè spesso sugli hosting condivisi non si ha accesso a tali file di log e inoltre l'utilità è relativa, dato che comunque devi andare a scaricarti il file e analizzarlo a manina.
Molto più comodo, se realmente c'è un'esigenza imprescindibile, loggare in una tabella del db o in un file di testo da qualche parte nella root del web server. I vantaggi sono abbastanza evidenti, non ultimo la possibilità di sapere anche chi ha chiamato lo script (che utente loggato, l'ip, il cookie, eccetera) e che script ha chiamato la query...

Il tutto secondo me, ovviamente