Hai controllato i permessi della directory e dei file relativi a Pear?
codice:
ls -l /var/www/clients/client6/web17/web/sottodomini/crm/
così vedi che permessi hanno i file php, e poi
codice:
ls -l /usr/share/php/
così vedi i permessi per i file Pear.
E' probabile che non siano corretti i secondi. La soluzione dipende da come sono impostati, metti l'output e vediamo