L'uso o meno delle stop word dipende dai volumi di ricerca che si hanno per la keyword in questione con e senza stop word.

Uscire ben posizionati con "Museo di arte contemporanea di Roma" non serve a molto se ha volumi di ricerca di molto inferiori rispetto a "Museo arte contemporanea Roma". Il fatto che con la prima si esca meglio posizionati è "normale" dal momento che è più specifica nella coda lunga, ma non necessariamente porta grande vantaggio a livello di traffico.

Statisticamente sono più cercate le keyphrase prive di stop word.

Per quanto riguarda Google, poi, il suo algoritmo è in grado di gestire al meglio (si spera...) le stop word nei casi in cui ci sono e nei casi di assenza. Ovviamente, se dall'analisi di mercato viene fuori che una certa keyphrase è più cercata con le stop word, conviene averla nel testo scritta esattamente così in quanto subentra il fattore (non trascurabile) della "precision" nel matching eseguito dal motore.

Infine, un mio parere strettamente personale è che, soprattutto alla luce delle nuove direzioni intraprese in primis da Google, conviene scrivere i testi nel modo più naturale possibile, cercando di rendere il contenuto utile e rilevante per i motori e le persone (puntare sulla "recall" in questo caso), senza sacrificare la leggibilità a favore della sovraottimizzazione.