Per quanto concerne la prima parte ci sono alcune inesattezze (eventi javascript da associare ad alcuni pulsanti e tali contenuti non vanno ad esempio d'accordo con innerHTML) non centra nulla innerHTML il javascript (pertanto anche ajax) non carica blocchi javascript (nello specifico va in conflitto quando trova la parola script) per fare questo ci sono alcuni accorgimenti.
Giusto porsi delle domande di conflitti, problemi, etc... ma quando non si ha la giusta conoscenza del linguaggio o si studia e si acquisisce, oppure si lasciano da parte i dubbi e si cerca la strada più semplice (pensiero personale).
Ritengo che un giusto compromesso potrebbe essere usare jquery, più semplice nell'apprendimento e meno problemi di compatibilità (browser vari) o conflitti.
Auguri per l'operazione