Andrea,
grazie per la risposta e per il tempo dedicato.

Riguardo Javascript, intendevo dire: per associare una funzione javascript già esistente e da me in precedenza creata, con innerHTML posso avere problemi mentre con Ajax e Javascript posso comunque procedere (ad esempio con addEventListener, associando una mia funzione ad un evento onclick di un certo elemento).

Usare jQuery sarebbe esattamente come usare innerHTML visto che (come sullo stesso sito jquery si evince) tale funzione si basa proprio sul predetto comando.

A questo punto non riterresti che la migliore soluzione, più elegante, efficiente e standardizzata, possa essere fare tutto via DOM inserendo così i dati di creazione dei singoli nodi direttamente nel codice javascript?

Grazie