La differenza fra require e include é solo che, in caso di mancanza del file indicato, il primo genera un "fatal error" mentre il secondo genera si un errore, ma lo script continua comunque la sua esecuzione. Questo non significa che possono essere liberamente scambiati. Devi principalmente guardare a cosa servono quei file. Se devi includere un file contenente variabili, funzioni o classi che devono venir usate dallo script, ti conviene usare require in modo che, se l'operazine fallisse, lo script verrebbe bloccato e ció limiterebbe i danni. Nel tuo caso invece utilizzerei un include poiché se anche dovesse fallire nel caricare una pagina, una pagina bianca é sempre meglio che un fatal error.

Per evitare che google e gli altri bot trovino i file che non desideri ti basta metterli tutti in una stessa directory. A questo punto nella main directory crei un file chiamato robot.txt e ci scrivi quanto segue:

codice:
User-agent: *
Disallow: /percorso/cartella/
Prima di controllare un sito web gli spider verificano l'eventuale presenza di questo file di testo per sapere se ci sono cartelle che non devono controllare.

Con include e require puoi includere sia html che php ma ricordati che il path non deve essere assoluto (es: "/cartella/file.html" o "http://miosito.it/cartella/file.html"). Se devi accedere a una cartella di livello inferiore a quella in cui ti trovi usa $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].

Ciao