Prova mettendo un str_replace, indicando come termine di search "\n" e magari anche "\r\r" e sostituendolo con stringa vuota, "".

esempio
Codice PHP:
$file_input_rec str_replace("\r\n"" "$file_input_rec);
$file_input_rec str_replace("\n"" "$file_input_rec);
$file_input_rec str_replace((chr(13)), " "$file_input_rec); 
così levi tutti i ritorni a capo della riga.