Estensioni mysqli e utilizzo di mysqli_multi_query().
Salvi le query da eseguire in un file di testo, che al tempo stabilito leggi "d'un botto" e mandi al multi_query, ovviamente svuotandolo subito.
salvi la query
salvi la query
salvi la query
salvi la query
leggi il file
prendi il contenuto e lo metti in una normale stringa
svuoti il file
salvi la query
salvi la query
esegui il multi_query
salvi la query
salvi la query
leggi il file
eccetera.
L'unico punto di possibile errore si verifica se, mentre stai leggendo il contenuto del file, ci viene accodata una nuova query (o più) che teoricamente potresti quindi perderti, ma si può risolvere anche questo con un lock del file o altre tecniche.