Un disco che ha problemi non è mai da rallegrarsi.

Senza entrare in discussioni di sistemi operativi, se il problema è di tipo hardware ti consiglio di fare un backup di tutto e poi procedere con una formattazione di basso livello (low level format).
Per i dischi scsi di solito c'è l'opzione nel bios del controller, ma da quanto ho capito pare il tuo è un hd esterno (scsi/ide/sata non farebbe differenza).

Con San Google trovi diversi tool per fare una formattazione low level.
Io ho provato con la parola di ricerca:
linux low level format usb
Se preferisci fare da windows ometti la parola linux dalla ricerca.

Cmq se ci sono cluster difettosi non è più hd affidabile è sulla strada del non ritorno...

Per chiarire il mio intervento precedente, quello che segnalavi sembrava tipico di una periferica usb montata in windows e poi NON smontata correttamente.
ntfs-3g è un ottimo driver per filesystem NTFS ma non è che può far miracoli.

Quindi: se usi periferiche usb (penne, hd, o altre periferiche di massa) in windows ricordati sempre di effettuare prima la "rimozione sicura dell'hardware" e che ti sia dato l'ok dal sistema, altrimenti (molto probabilmente) avrai problemi ad accedervi da linux.
Questo non vale per la partizioni condivise poichè si presuppone che venga riavviato il computer da menù (quindi vengono smontotate tutte le periferiche e partizioni) e non staccata brutalmente la spina del computer.
Semmai ti capitasse di dover forzare lo spengimento in windows (circa 6 secondi di tasto power premuto) perchè hai avuto una BSOD, prima di riavviare con linux, riavvia con windows e assicurati di spengere/riavviare correttamente, altrimenti niente accesso alle partizioni NTFS.

Per quanto riguarda GRUB sul forum ci sono tanti consigli per come fare (tipicamente tramite una distro live).

Ciao