codice:
LinkedList<Integer> lista = new LinkedList<Integer>();
LinkedList<Integer> lista2 = new LinkedList<Integer>();

HashMap<Integer, String> map = new HashMap<Integer, String>();
for (Integer i : lista) {
	if (!lista2.contains(i)) {
		map.put(i, "");
	}
}

for (Integer key : map.keySet()) {
	System.out.println(key);
}
Utilizzo la HashMap solo perchè è la prima cosa che mi è venuta in mente per evitare le eventuali ripetizioni.