In realtà l'API mette a disposizione questo metodo:

public int read(byte[] b, int off, int len);

off rappresenta l'indice iniziale ove salvare i dati (quindi dovrai avere una sorta di contatore che verrà incrementato in base a quanto vorrai leggere di volta in volta), e len che sarà la quantità di byte letti.

Se vuoi un esempio, puoi guardare qui: http://www.exampledepot.com/egs/java...bytearray.html