quindi essenzialmente il tuo problema è settare a 1 i campi della tabella2 che non hanno corrispondenza con la tabella1?

Il modo più rapido da scrivere (ma di pessime prestazioni per mysql) è qualcosa del genere

update tabella2 set quello-che-vuoi=1 where campojoin not in (select campojoin from tabella1)

avendo una subquery dipendente è una delle situazioni peggiori, normalmente si fa una join "furba".

sto per andare a cena, se ti basta bene, sennò prima o poi ci guardo