Codice PHP:
<?
//ti ho spostato il session_start dove serve

if (!isset($_POST['submit'])){
echo '<form method="post" action="">
<input type="text" name="username">
<input type="text" name="pass">
<input type="submit" value="login" name="submit">
</form>';    
} 
else{
include 'config.php';
include 'connect.php';

$user = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$pass = mysql_real_escape_string($_POST['pass']);

$query= "SELECT username, password FROM utenti WHERE username = '{$user}' AND password = '{$pass}'";
$result = mysql_query($query, $conn);
$num_rows = mysql_num_rows($result);

if ($num_rows == 1){
//inizia la sessione qui, prima non è il caso
session_start();
$_SESSION['Logged'] = 'Here';
/*Qui c'è un errore, una doppia virgoletta di troppo, e perché metti gli / dopo gli apici?
echo "Login effettuato con successo!"
[url='/indecs.php']home[/url]";
Prova così:*/
echo "Login effettuato con successo!
[url='indecs.php']home[/url]";
}else{
echo "dati errati: [url='login.php']login[/url]";
}

} 
?>



- indecs.php 

<?
session_start();

if(isset($_SESSION['Logged'])){
echo "Benvenuto ";
}else{
echo "Accesso negato.
[url='login.php']login[/url]";
}
?>
Metti i tag [ P H P ]. I colori aiutano molto a capire errori di scrittura e battitura.
Ad ogni modo dovrebbe funzionare, casomai fai un controllo sulla sessione, stampala a video e vedi cosa ti ritorna.