Credo che se riuscissi a far leggere l'ISO al synaptic riuscire a risolvere finalmente il problema: quando faccio "Aggiungi CD-ROM" cerca di montare il disco nell'unità E. Io la monto già con un software (ho provato sia AcetoneISO che gisomount), e devo fare in modo che synaptic mi cerchi il disco lì, e non nell'unità E.
La funzione "Ripristina" di AptonCD mi mette tutto il giga di pacchetti sulla cache, e questo non va bene***. Devo fare in modo di far spostare solo quelli che installo, per questo motivo AptonCD non può fare il lavoro di installare i pacchetti.

*** La partizione da 10GB è molto limitativa: se avessi una partizione di spazio maggiore terrei sempre e comunque i pacchetti su /var/cache/apt/archives, senza preoccuparmi di repository locali o cose del genere (per questo una volta ho chiesto se si poteva cambiare la cartella della cache).