Non hai mai detto di utilizzare un IDE (o almeno non mi sembra), quindi do per scontato che ti riferisci ad una cartella "normale" e non i progetti di NetBeans o Eclipse.


Suppongo sia in Jar la libreria. Una volta scaricata estrai dal Jar le cartelle (che penso proprio ci siano) e mettile dove hai l'applicazione, dovrebbe funzionare.

Comunque che errore viene riportato?

Devi aver riportato queste comunque:
codice:
import org.jdom.*;
import org.jdom.input.*;
E bada bene che l'oggetto non è SaxBuilder, ma SAXBuilder.


PS: L'utilizzo di linux non crea problemi. Puoi portare sempre le cartelle contenute nel Jar all'interno della cartella con il progetto, e dovrebbe funzionare tutto.