codice:
this.getClass().getClassLoader().getResourceAsStream()
quindi vedrai ogni cosa come nella stessa cartella e userai nomi relativi.
Ad es. se nel jar hai una cartella chiamata "immagini" ti riferirai a un'immagine come "immagini/img.jpg", per il tuo file di testo direttamente "file.txt".
Poi siccome è un file di testo ti conviene, secondo me,
codice:
BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(inputStream));
Da notare che per far funzionare il codice sopra in eclipse devi mettere il tuo file.txt non nella cartella src bensì nella cartella bin.