Guarda, questo codice cerca una serie di stringhe nel file aperto con fopen.
Le stringe da cercare sono in fillersC.
L'idea è che all'interno del ciclo while gestisci la riga del file (oneLine) ad ogni iterazione, e dentro la riga fai una semplice ricerca della parola con le funzioni di string.h  (in particolare strstr()).
Una volta che hai trovato la parola in quella riga (strstr!=NULL) la elabori come vuoi.
Nel mio codice selezionavo la parte prima (head) e quella dopo (tail), e le ricopiavo in un nuovo file cambiando la parola in mezzo - in pratica sostituisco la parola cercata con un'altra.
	codice:
	  int count;
  char* fillersC[2]={"parola1", "parola2"};
  const int nbytes = 180; 	
  char *oneLine = malloc((nbytes+1)*sizeof(char)); 
  FILE* texFileR = fopen("/tmp/file.txt","r");
  while(getline(&oneLine, &nbytes, texFileR)!=-1){
		found=0; // set to 1 only if some modifications are to be applied to the line
                for(count=0; count<12; count++){
                            if(strstr(oneLine,fillersC[count])!=NULL){
                                    if(!found) found=1;
                                    address=strstr(oneLine,fillersC[count]);
                                    index=address-&oneLine[0];
                                    strncpy(head,&oneLine[0],index);
                                    head[index]='\0';
                                    len=strlen(oneLine)-strlen(fillersC[count])-index;
                                    strncpy(tail,&oneLine[index+strlen(fillersC[count])],len);
                                    tail[len]='\0';
                                    switch(count){
                                      case 0:
                                            sprintf(newLine,"%s%s%s", head,altra_stringa,tail);
                                            break;
                                      case 1: 
                                            sprintf(newLine,"%s%s%s", head,altra_stringa2,tail);
                                            break;
                                    }
                            strcpy(oneLine,newLine);
                            }
                    } //end for     
}