Che editor usi?
Il problema si presenta quando utilizzi un editor che salva in formati "strani" o che non ti aspetti, e comunque disomogenei alle codifiche usate da te negli header o nelle dichairazioni.
Verifica nelle impostazioni dell'editor o ide che usi il formato di salvataggio dei file.
Nel caso in cui verifichi che l'editor salvi in una codifica differente da quella prevista nella pagina...hai trovato il problema.
Lo stesso discorso nei file php inclusi in altri file php. Per la corretta interpretazione dai browser dei teti e dei caratteri speciali in special modo è necessario essere uniformi nella codifica dei file.