Scusa l'eventuale ignoranza ma non capisco perche al click() hai assegnato le due funzioni in quel modo.. presumo tu volessi usare toggle(), no?

Ad ogni modo potresti fare una cosa del genere:
codice:
$("#menu>div").click(function(){
  $(".submenu").stop(1,1).hide("fast");
  $(".submenu", this).stop(1).show("fast");
});
Ho usato questo selettore "#menu>div" supponendo che dentro il tuo #menu ci siano dei DIV (utilizzati come menu principali), ma potrebbe benissimo esserci una lista e quindi degli LI. Non ho idea di come tu abbia strutturato la parte html.

Come esempio, potrebbe esserci una cosa del genere:
codice:
<div id="menu">
  <div id="A">menu A<div class="submenu">submenu A</div></div>
  <div id="B">menu B<div class="submenu">submenu B</div></div>
  <div id="C">menu C<div class="submenu">submenu C</div></div>
  <div id="D">menu D<div class="submenu">submenu D</div></div>
  <div id="E">menu E<div class="submenu">submenu E</div></div>
  <div id="F">menu F<div class="submenu">submenu F</div></div>
</div>
Nel jquery ho quindi assegnato l'evento click su ogni DIV che è figlio di #menu, in questo modo $("#menu>div").click(
Non devi quindi attribuire il click singolarmente per ogni menu, come presumo tu abbia fatto con $("#menu #A")

Dentro la funzione del click chiudo tutti i sottomenu $(".submenu").stop(1,1).hide("fast"); e quindi riapro giusto il sottomenu del menu cliccato $(".submenu", this).stop(1).show("fast");

Nota il selettore this che ho usato per identificare solo il sottomenu contenuto nel DIV cliccato.

Ho inoltre usato stop() per interrompere eventuali animazioni in corso ed evitare che si ripetano se si clicca più volte di seguito su uno stesso menu.
Ovviamente questa è un'idea di base ma si può ottimizzare o fare in vari altri modi.