Poco chiaro e un po confusa come richiesta.
Il mancato funzionamento potrebbe essere legato al caricamento script js, se l'operazione viene eseguita tramite inclusione della pagina pippo.php gli script funzionano se invece la pagina viene caricata tramite javascript gli script contenuti nella stessa non funzionano più, in sintesi js non carica script js, poi forse ho capito male.
Se cosi non fosse, meglio se posti un link alla pagina pubblica da visionare testare.