Capito, comunque il discorso non cambia molto.

Perdonami ma continuo a non capire perché alla funzione click() passi le due funzioni in quel modo.

Inoltre il tuo codice html, se lo hai scritto così nella pagina, ha un grosso errore di fondo.
Non puoi dichiarare degli id uguali a più elementi all'interno della stessa pagina. Se il div dentro "menu" ha un id="A", non può esistere un'altro elemento che abbia un id con lo stesso valore, anche se si trova dentro un'altro div.

Puoi risolvere comunque in tanti modi. Ad esempio per i sottomenu potresti sostituire gli id con delle classi:

codice:
<div id="menu">
<div id="A">menu A</div>
<div id="B">menu B</div>
<div id="C">menu C</div>
<div id="D">menu D</div>
<div id="E">menu E</div>
<div id="F">menu F</div>
</div>

<div id="submenu">
<div class="A"> submenu A</div>
<div class="B"> submenu B</div>
<div class="C"> submenu C</div>
<div class="D"> submenu D</div>
<div class="E"> submenu E</div>
<div class="F"> submenu F</div>
</div>
Quindi da jquery ricostruisci il nome della classe attraverso il valore id dell'elemento (menu) cliccato.

codice:
$("#menu>div").click(function(){
  $("#submenu>div").stop(1,1).hide("fast");
  $("#submenu ."+$(this).attr("id")).stop(1).show("fast");
});
Allo stesso modo puoi farlo sempre con degli id per i sottomenu ma costruendo il valore in modo che non sia uguale a quello dei menu (ad es: id="subA") e selezionare quindi i sottomenu sempre con la stessa logica.
codice:
$("#submenu #sub"+$(this).attr("id"))