Sono due cose diverse.
Javascript: Linguaggio di programmazione per eseguire funzioni/azioni lato client o lato sofware;
Jquery: Framework (sviluppato in javascript) che aiuta lo sviluppo di funzioni/azioni lato client
Io imparerei .js poi passerei a jq, (prima s'impara a leggere/scrivere poi usi word non il contrario)