Ciao,

no, non è invalidante perché lo scopo della connessione persistente e quella di avere una lista di connessioni attive a cui attingere nel momento della necessità e non quello di garantire che una specifica pagina php utilizzi sempre la stessa connessione al database.

Detto questo, per questo tipo di domande la sezione corretta è PHP, non MySQL.

Più attenzione per il futuro.