con la require è come se "unissi" insieme le due pagine!

quindi prima vedi la index0 e poi la pagina che stai visualizzando.

Credo che tu debba copiare la pagina iniziale (quella con il logo e il menu) in tutte le pagine del tuo sito, ed a seconda della pagina in cui ti trovi valorizzi il contenuto..

altrimenti dovresti creare una pagina unica e valorizzare solamente il contenuto all'interno con delle richieste ajax