com'è strutturato l'array row? Se vuoi cambiare il contatore della riga eliminando l'id della riga vuota dovresti cambiare le chiavi dell'array oppure crearti un contatore.... qualcosa tipo
Codice PHP:
$contatore 1;
foreach (
$rows as $row){
  if ( 
strlen($row) != 0)
    print 
$classes[$contatore];
    print 
$row;
    
$contatore++;
  }

Ma non ho idea se questo codice sia corretto a livello logico...