guarda questo a me funziona
codice:
import java.util.Scanner;

public class Main {

	public static void main(String arg[]) {
		char input;
		boolean done = false;
		Scanner sc = new Scanner(System.in);

		while (!done) {
			System.out.println();
			System.out.println("SELEZIONARE UN COMANDO\n");
			System.out
					.println("  A = Stampa i titoli principali di entrambi i quotidiani");
			System.out.println("  B = Elenca tutti i titoli di un quotidiano");
			System.out.println("  C = Confronta due notizie");
			System.out.println("  E = Esci dall'applicazione\n");

			try {
				input = sc.nextLine().charAt(0);

				System.out.println(input); /*
											 * per verificare il carattere
											 * selezionato
											 */

				switch (input) {
				case 'A':
				case 'a':
					// comando1();
					break;
				case 'B':
				case 'b':
					// comando2();
					break;
				case 'C':
				case 'c':
					// comando3();
					break;
				case 'E':
				case 'e':
					done = true;
					break;
				default:
					System.out.println("valore non corretto\n\n");
				}
			} catch (Exception e) {
				// gestisco l'eccezione
				e.printStackTrace();
			}
		}
	}
}
guarda che se usi java7 puoi fare lo switch sulle stringhe