Non mi soffermo a correggere il codice, ma ti dico che lo potresti fare con molto meno sforzo.Basta che leggi i due files e li metti ciascuno in un buffer di char, poi con la funzione strcmp vedi se le due stringhe sono uguali.
Ad esempio:
codice:
FILE *f1,*f2;
char buf1[100],buf2[100];
int i=1;
f1=fopen(arga,"r");
buf1[0]=fgetc(f1);
while(buf1[i-1]!=EOF)
{
    buf1[i]=fgetc(f1);
    i++;
}

/* idem per il secondo

if(strcmp(buf1,buf2)==0)
    printf("Sono uguali\n");
else
    printf("Non sono uguali");