Non mi soffermo a correggere il codice, ma ti dico che lo potresti fare con molto meno sforzo.Basta che leggi i due files e li metti ciascuno in un buffer di char, poi con la funzione strcmp vedi se le due stringhe sono uguali.
Ad esempio:
codice:FILE *f1,*f2; char buf1[100],buf2[100]; int i=1; f1=fopen(arga,"r"); buf1[0]=fgetc(f1); while(buf1[i-1]!=EOF) { buf1[i]=fgetc(f1); i++; } /* idem per il secondo if(strcmp(buf1,buf2)==0) printf("Sono uguali\n"); else printf("Non sono uguali");