guarda anche questo codice, l'ho scritto al volo immaginando i dati nelle colonne A e D

codice:
'x è la riga dove si trovano i dati da verificare
'y è la riga dove si trovano i dati madre
    Dim x As String, y As String
    Dim MyCella As String
    x = 1
    y = 1

Sheets("Foglio1").Select 'seleziono il foglio
NUOVO_VALORE:
    If Range("D" & y).Value = "" Then 'verifico se è valido il valore della cella che contiene i dati da comparare
        MsgBox "FATTO"
    Else
CONTROLLA_VALORI:
        If Range("A" & x).Value = "" Then 'verifico se è valido il valore della cella che contiene i dati da comparare
            y = y + 1 'aumento di 1 il valore della riga dei dati madre
            x = 1 'riporto all'inizio la riga dei dati da verificare
            GoTo NUOVO_VALORE
        Else
            If Range("D" & y).Value = Range("A" & x).Value Then
                MyCella = Range("D" & y).Address
                Range("D" & y).Interior.Color = 255 'cambio il colore se il valore è stato trovato
                Range("A" & x).Interior.Color = 255 'cambio il colore se il valore è stato trovato
            End If
            x = x + 1
            GoTo CONTROLLA_VALORI
        End If
    End If
ti allego anche un file excel di esempio (contiene lo stesso codice, non ha dentro altro)
http://myfreefilehosting.com/f/d4e158440f_0.03MB