dato che puoi impostare i cookie solo per il tuo dominio (e sottodomini) nel sito A devi includere (sotto forma di uno script php che genera una pseudo immagine di dimensioni nulle o un semplice javascript) un file del sito B per poter impostare il cookie del sito B, e nel sito B fare la stessa cosa al contrario.

Alla fine è quello che si fa con i vari tracker tipo google analytics, google adsense, adwords e compagnia: si carica una risorsa che imposta un cookie per un determinato dominio e questo cookie accompagna il visitatore lungo la visita di differenti siti, purchè includano quella stessa risorsa

p.s. hai postato la richiesta a mezzanotte, come puoi pretendere che venga subito risposta? mica si è pagati

p.p.s. comunque si scrive 'cookie'