Non ho ancora capito se hai un problema di Inno Setup o di altro.

E quando dici che "l'applicazione non funziona e da problemi" non si può certo capire cosa non va. Devi chiarire cosa "non funziona" e di quali "problemi" parli.

Infine, ma non ultimo ... a cosa ti serve quella libreria COM che tu non possa fare con .NET?