Total Commander e' un ottimo file manager per Windows (gira anche su Linux con Wine) che ha anche la funzionalita' di Client FTP, ma molto limitata.
Devi usare un Client FTP adatto per questo scopo, per Linux consiglio gFTP.

Da Windows puoi usare semplicemente Internet Explorer (campo URL) utilizzando la sintassi:
ftp://nomeutente@serverftp.it

nota: sostituisci "nomeutente" e "serverftp.it" con i tuoi parametri di accesso.

P.S: il dominio di terzo livello non lo crei tramite FTP, da li puoi solo creare nuove cartelle e caricare e scaricare files dal server