segmentation fault causata principalmente da:
1. usare memoria già liberata (su cui si è fatta una chiamata a free)
2. usare in maniera scorretta i puntatori
3. accessi hardware non corretti.

Sono quasi sicura che nel tuo caso non lavori bene sui puntatori (come immaginavo) scordandoti che il passaggio 32/64 bit in C non è indolore (ecco la pagina che ti avevo consigliato).
Sarebbe interessante capire a che riga hai la segmentation fault (o vai di debug o fai delle printf prima di ogni istruzione, l'ultima che vedi ti dice che l'istruzione successiva causa una segfault)