Allora, apetta che mi sto incasinando!
alla situazione attuale (e ultima se no hai tutte le ragioni per mandarmici):
Codice PHP:
Utilizzando:
preg_replace('/[url="#_ftnref(\d+)"]\[(\d+)\]<\/a>/''<div id="_ftn$1"><a href="#_ftnref$1">[$2][/url]</div>'$testo);

input:
$testo"

<a href=\"#_ftnref1\">[1]</a> Testo della nota.</p>"
;

Deve diventare:


<
div id="_ftn1">[url="#_ftnref1"][1][/urlTesto della nota.</div></p>

invece ora risulta


<div id="_ftn1">[url="#_ftnref1"][1][/url]</divTesto della nota.</p>

quindi la nota è fuori dal div 
Vorrei comunque assicurarti che, pur non riuscendoci (non ho basi solide di programmazione, sono un grafico) ci sto provando anche da solo non è che sono qui ad aspettare la pappa pronta.

Ciao