I decompilatori non sono in grado di ricostruire completamente i file sorgenti, se sono presenti classi, spesso le mischiano e cambiano i nomi delle istanze rendendo la decompilazione efficace solo per piccoli script.
Purtroppo avresti dovuto pensarci prima, creandoti dovuti backup del progetto che stavi realizzando.
Personalmente mi è capitato una volta di dover decompilare un swf di cui avevo perso il sorgente, ma fortunatamente ci stavo lavorando sopra e sono riuscito a recuperare i vari nomi di istanza che avevo usato inizialmente.