il primo CMS non si scorda mai , poi si fa un po fatica a capire gli altri ma alla fine sono un po tutti uguali (insomma :-)).

Joomla è ottimo e trovi tante informazioni online
Wordpress è il più usato e di conseguenza trovi info dappertutto.
Drupla e buono ma ci sono poche info in italiano, mentre in inglese sul sito drupal c'è praticamente di tutto.

Questi sono quelli che ho utilizzato.

La mia scelta però è caduta su joomla.
1) Joomla consente di aggiungere solo alcune pagine in php in una struttura già consolidata?
Puoi fare l'override di tutti i moduli/componenti basta conoscere php

2) Se così non è, da quanto ho capito dalle varie discussioni è possibile modificare i template di joomla. Ma è un lavoro semplice, considerato che dovrei modificare la struttura html generata automaticamente nelle varie pagine? Ne vale la pena se per ogni sito devo rifare tutto dall'inizio (considerato comunque che il mio forte sarebbe la personalizzazione della grafica)?
Si, semplice dipende quanto sei bravo.
Ovviao che un CMS come joomla ha una quantità di stili (CSS) pari alla complessità del prodotto.