Prendendo in esame il tuo codice puoi fare qualcosa di questo genere:

Codice PHP:
$i 1;
while (
$risultato mysql_fetch_array($res_query)) 

if (
trim($risultato['padre']) != "")
{
 print 
'[*][url="#"]SottoMenu'.$i.'[/url]'
}
else
{
 print 
'[*][url=""]SottoMenu'.$i.'[/url]'
}
$i++;

Poi il contatore $i diventa inutile se non scrivi sottomenù + numero, tuttavia puoi fare il controllo per vedere se vi è qualcosa nella colonna padre, se vi è qualcosa allora si tratta di un sottomenù di un menù. (in tal caso ho messo da href="" a href="#" .