Puoi dividerle come hai detto tu:

form.html
che manda i dati a
cerca.php

(esempio)

alcune parti possono essere scritte con lo stesso codice a prescindere dal database che poi utilizzi, come i controlli sui campi, ma poi la query, che è la cosa più importante per te può variare in base al database.

Ora la domanda topica: Che database usi/userai?