Secondo me hai incasinato troppo le cose.
Innanzitutto dovresti chiarire un paio di cose :
Il file svc e l'implementazione del servizo ( Iservice.cs o sercive.cs) esistono nello stesso progetto e nella stesa cartella.
Inoltre , il tuo sito web è un progetto o libreiria separata dal progetto ?
Un WCF service può essere lanciato su IIS Server , come Service Host indipendente o in appdomain cioè nello dominio in cui lanci il sito web.
Se sei alle prime armi e non hai capito cosa scrivo , fai uno screeshot del solution esplorer di Visual Studio con tutte le cartelle espanse.
Comunque secondo me puoi fare questa cosa con due righe di codice nel web.config
Se mi da indicazioni ti dico come fare. Ciao !!!