soprattutto se è possibile farlo.
se la struttura logica degli archivi è differente può essere tra il facile e l'impossibile, per mancanza (ad esempio) di informazioni in uno o l'altro archivio.

integrare due software diversi, in generale, richiede la collaborazione di entrambi i produttori, ed è (sempre in generale) un lavoro difficile, lungo ed estremamente costoso (soprattutto nel caso nel quale si voglia una sincronizzazione bidirezionale).

capita che progetti da centinaia di migliaia di euro abortiscano... proprio per problemi analoghi.