Vedo un po' di confusione qua.

A meno che la tua tabella non venga aggiunta dinamicamente al DOM via AJAX allora tutto il codice Java che crea la tabella viene eseguito dal server PRIMA di mandare indietro la tua pagina Jsp al browser.

Magari effettivamente la tabella non è scritta in maniera corretta. Tutti i tag sono chiusi? Il plugin magari si aspetta th e tbody che tu non hai messo? Controlla queste cosette.